Sisu
- Mis on genotüüp ja fenotüüp?
- HIV-i genotüpiseerimise selgitamine
- HIV fenotüpiseerimise selgitamine
- Millal tehakse geneetilise resistentsuse test?
Kui ravi ebaõnnestub, tuleb selle uue resistentse viiruse populatsiooni pärssimiseks valida alternatiivsed ravimite kombinatsioonid. Geneetilise resistentsuse testimine aitab seda hõlbustada, tuvastades resistentsete mutatsioonide tüübid inimese "viiruse kogumis", tehes samas kindlaks, kui vastuvõtlikud on need viirused võimalikele retroviirusevastastele ainetele.
HIV-i geneetilise resistentsuse testimiseks kasutatakse kahte peamist tööriista: HIV genotüübiline test ja HIV fenotüübiline test.
Mis on genotüüp ja fenotüüp?
Definitsiooni järgi on genotüüp lihtsalt organismi geneetiline koostis, fenotüüp aga selle organismi jälgitavad omadused või tunnused.
Genotüübilised analüüsid (või genotüüpide määramine) toimivad pärilike juhiste tuvastamise abil raku geneetilises kodeerimises või DNA-s. Fenotüüpsed testid (või fenotüpiseerimine) kinnitavad nende juhiste väljendumist erinevate keskkonnatingimuste mõjul.
Kuigi seos genotüübi ja fenotüübi vahel pole absoluutne, võib genotüpiseerimine sageli fenotüübi ennustada, eriti kui geneetilise koodi muutused põhjustavad eeldatavaid omaduste või omaduste muutusi, nagu ravimiresistentsuse tekkimisel.
Fenotüüpimine seevastu kinnitab "siin ja praegu". Selle eesmärk on hinnata organismi reaktsiooni keskkonnarõhu konkreetsetele muutustele - näiteks kui HIV puutub kokku erinevate ravimite ja / või ravimite kontsentratsioonidega.
HIV-i genotüpiseerimise selgitamine
HIV-i genotüpiseerimine on resistentsuse testimiseks tavaliselt kõige levinum tehnoloogia. Analüüsi eesmärk on tuvastada spetsiifilisi geneetilisi mutatsioone gag-pol viiruse piirkond " genoom (või geneetiline kood). See on piirkond, kus pöördtranskriptaasi, proteaasi ja integraasi ensüümid - enamiku retroviirusevastaste ravimite sihtmärgid - on kodeeritud DNA ahelasse.
Esmalt amplifitseerides HIV genoomi polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) tehnoloogia abil, saavad laborandid sekveneerida (või "kaardistada") viiruse geneetika, kasutades erinevaid mutatsioonide tuvastamise tehnoloogiaid.
Neid mutatsioone (või mutatsioonide akumulatsiooni) tõlgendavad tehnikud, kes analüüsivad seost tuvastatud mutatsioonide ja viiruse eeldatava vastuvõtlikkuse vahel erinevate retroviirusevastaste ravimite suhtes. Veebipõhised andmebaasid võivad aidata võrrelda testjärjestust "metsiktüüpi" viiruse prototüübiga (st HIV, mis ei sisalda resistentseid mutatsioone).
Nende testide tõlgendust kasutatakse ravimitundlikkuse määramiseks, kusjuures suurem arv peamisi mutatsioone annab suurema ravimiresistentsuse taseme.
HIV fenotüpiseerimise selgitamine
HIV fenotüüpide määramine hindab inimese HIV kasvu ravimi juuresolekul, seejärel võrreldakse seda metsiktüüpi kontroll-viiruse kasvuga samas ravimis.
Nagu genotüüpsete testide puhul, võimendavad fenotüübilised testid HIV genoomi gag-pol piirkonda. See osa geneetilisest koodist "poogitakse" kasutades metsiktüüpi klooni rekombinantse DNA tehnoloogia abil. Saadud rekombinantset viirust kasutatakse imetajarakkude nakatamiseks in vitro (laboris).
Seejärel viirusproovi eksponeeritakse erinevate retroviirusevastaste ravimite suureneva kontsentratsiooniga, kuni saavutatakse viiruse supressioon 50% ja 90%. Seejärel võrreldakse kontsentratsioone metsiktüüpi kontrollproovi tulemustega.
Suhtelised muutused pakuvad väärtuste vahemikku, mille alusel määratakse ravimitundlikkus. Neljakordne muutus tähendab lihtsalt seda, et viiruse supressiooni saavutamiseks oli vaja neljakordset ravimi kogust võrreldes metsiktüübi omaga. Mida suurem on kordne väärtus, seda vähem on viirus konkreetse ravimi suhtes vastuvõtlikum.
Seejärel paigutatakse need väärtused madalama kliinilise ja ülemise kliinilise vahemiku piiridesse, kusjuures ülemised väärtused annavad ravimiresistentsuse kõrgema taseme.
Millal tehakse geneetilise resistentsuse test?
USA-s tehakse geneetilise resistentsuse testimist traditsiooniliselt varem ravi mittesaanud patsientidele, et teha kindlaks, kas neil on "omandatud" ravimiresistentsus. USA-s tehtud uuringud näitavad, et 6–16% nakatunud viirustest on resistentsed vähemalt ühe retroviirusevastase ravimi suhtes, samas kui ligi 5% on resistentsed enam kui ühe klassi ravimite suhtes.
Geneetilise resistentsuse testimist kasutatakse ka siis, kui ravis viibivatel isikutel kahtlustatakse ravimiresistentsust. Test viiakse läbi patsiendi kas ebaõnnestunud raviskeemi kasutamisel või nelja nädala jooksul pärast ravi lõpetamist, kui viiruskoormus on suurem kui 500 koopiat / ml. Nendel juhtudel eelistatakse üldjuhul genotüüpseid teste, kuna need maksavad vähem, nende pöördeaeg on kiirem ja metsiktüüpi ja resistentse viiruse segude tuvastamiseks on suurem tundlikkus.
Keerulise, mitme ravimi suhtes resistentsete isikute, eriti proteaasi inhibiitoritega kokku puutuvate isikute puhul eelistatakse tavaliselt fenotüübiliste ja genotüüpsete testide kombinatsiooni.